مجلس الأمناء هو السلطة العليا في مؤسسة الصفوة الأهلية؛ يعتمد توجّهاتها وسياساتها ولوائحها وخططها وتقاريرها، ويشرف على أعمال الجهاز التنفيذي.
وافق المركز الوطني لتنمية القطاع غير الربحي على تشكيل مجلس أمناء المؤسسة في دورته الأولى، بخطابه رقم PTEB01810-1100517900 وتاريخ 1446/04/10هـ، لمدة ثلاث سنوات من تاريخه. والمؤسسة مسجّلة لدى المركز بالترخيص رقم 1100517900.